По отношению к кислороду все микроорганизмы разделяются:
- Облигатные аэробы – аэробные организмы, нуждающиеся в кислороде для дыхания. Помимо клеточного дыхания, эти организмы используют кислород, например, для окисления органических соединений, или в процессе дыхания кислород используется как конечный акцептор электронов.
Примеры бактерийоблигатных аэробов: Nocardia, Mycobacterium tuberculosis, Vibrio cholerae.
- Микроаэрофильные аэробы – микроорганизмы, требующие, в отличие от строгих анаэробов, для своего роста присутствия кислорода в атмосфере или питательной среде, но в пониженных концентрациях по сравнению с содержанием кислорода в обычном воздухе (в отличие от аэробов, для роста которых необходимо нормальное содержание кислорода в атмосфере или питательной среде). Многие микроаэрофилы также являются капнофилами, то есть им требуется повышенная концентрация углекислого газа: Borrelia burgdorferi, Helicobacter pylori, Campylobacter, Streptococcus intermedius, Streptococcus pyogenes.
- Факультативные анаэробы – организмы, энергетические циклы которых проходят поанаэробному пути, но способны существовать при доступе кислорода, в отличие от облигатных анаэробов, для которых кислород губителен.
- Облигатные анаэробы – организмы, живущие и растущие только при отсутствии молекулярного кислорода в среде, он для них губителен.
К облигатным анаэробам относятся прежде всего Bacteroides и Clostridium, которые могут служить примерами неспорообразующих и спорообразующих строгих анаэробов, соответственно. Другими примерами облигатных анаэробов являются Peptostreptococcus, Treponema, Porphyromonas, Veillonella.
- Аэротолерантные анаэробы – анаэробные бактерии, способные к существованию в среде с низким содержанием молекулярного кислорода (О₂). Многие аэротолерантные бактерии могут использовать О₂ на начальных этапах сбраживания глюкозы. К аэротолерантным бактериям относится часть маслянокислых бактерий из рода Clostridium (включая возбудителей столбняка и газовой гангрены), молочнокислые бактерии из родов Lactobacillus, Leuconostoc, Streptococcus, непатогенные свободноживущие спирохеты и др.